Saint Benoît Lisesi'nin resmi kuruluş tarihi olarak 1783 yılı gösterilse de kurumun tarihi aslında 1362'de, henüz bir Ceneviz kolonisi olan Galata'da başlar. Üstelik başlangıçta, Saint-Benoît Fransız değil; bir İtalyan kurumudur. Monte-Cassino'daki Benedikten manastırına bağlı Cenova'lı rahibeler tarafından kurulan Sainte-Marie de la Miséricorde (Monastère de la Citerne de Péra - Pera Sarnıcı Manastırı olarak da bilinir) isimli bir manastır, bugünkü kurumun temelini oluşturmaktadır. Bu dönemin yegâne maddi hatırası, okul girişindeki çan kulesinden ibarettir.

12 Mayıs 1427 tarihinde Francesco Spinola başkanlığındaki İtalyan Benetikten keşişlerinin denetimine giren ve ismini San Benedetto olarak değiştiren kurum, 24 Ekim 1450'de Dom Nicolas Meynet başkanlığındaki Fransız Benedikten keşişlerinin yönetimine geçmiş ve böylelikle Saint-Benoît adını alarak bir Fransız kurumuna dönüşmüştür. Saint-Benoît manastırı, 1540 yılında Fransa Kralı I. François'nın talebi ve Kanuni Sultan Süleyman'ın izniyle Fransa Büyükelçiliği Şapeli olarak kabul edilmiş ve böylelikle diplomatik koruma altına girmiştir.

18 Kasım 1583 tarihinde Fransa Kralı III. Henri'nin isteği doğrultusunda Papa XIII. Gregorius, manastırı Benedikten tarikatından alıp Cizvit (Jésuites) rahiplerine vermiş ve Jules Mancinelli'nin yönetiminde ikisi Fransız ve ikisi İtalyan toplam dört Cizvit rahip, kurumu devralmıştır. Saint-Benoît'da ilk eğitim kurumu, manastıra bağlı olarak yine Cizvit rahiplerin girişimiyle 1583 senesinde kurulmuştur. 1586 yılındaki veba salgını sırasında çok sayıda görevlinin hayatını kaybetmesi nedeniyle okul kapanma tehlikesi yaşamış, ancak Cizvitler kısa sürede toparlanmayı başarmışlardır. Saint-Benoît, Osmanlı topraklarındaki Cizvit faaliyetlerinin merkezi (maison-mère) olmuştur.

1610 yılında Saint-Louis adında bir de hastaneye kavuşan kurum, sağlık hizmetini de 1825'e dek sürdürmüştür. Hastane 1696 yılında yanmış ve onarımı Marsilya Ticaret Odası üstlenmiştir.

1686 yılında binadaki kilise yanmış, Fransa Büyükelçisi Pierre de Girardin'in girişimiyle, yeni kilisenin o zamana kadar sadece camilere tanınmış olan bir ayrıcalıktan yararlanarak kubbeli olarak inşa edilmesine ve bunların kurşunla kaplanmasına izin verilmiştir.

Fransa'daki iç karışıklıklar nedeniyle Cizvit'ler manastır, okul ve hastanenin yönetimini, Marsilya'dan yola çıkarak 19 Temmuz 1783 tarihinde İstanbul'a ulaşan Pierre-François Viguier yönetimindeki on yedi Lazarist rahibe devrederek kurumu terk etmişlerdir. Bu tarih günümüzde Saint-Benoit lisesinin resmi kuruluş tarihi olarak kabul edilmektedir. Okulun ilk Lazarist müdürü Antoine Renard'dır.

Başlangıçta sadece Fransız uyrukluları öğrenci olarak kabul eden ve tamamen yatılı olan okul, 1831 yılından itibaren gündüzlü kısım da açmış ve Sultan II. Mahmud'un verdiği bir fermanla Osmanlı uyruklu öğrencileri de kabul etmeye başlamıştır. Yine ilk defa bu tarihte öğrencilere üniforma giyme zorunluluğu getirilmiştir.

1834 yılında göreve başlamış olan müdür Louis Florent Leleu, Paris'teki Lazarist rahipler cemiyetine yazdığı bir raporda okulla ilgili ilk gözlemlerini şöyle aktarmıştır: "İstanbul’da bir kolej yönetmenin ne kadar zor olduğunu tahmin edemezsiniz. Sık sık çıkan yangınlar, Levantenlerin kaprisleri ve vefasızlıkları; ama özellikle de veba, çok ciddî sıkıntılar yaratıyor. Ancak elli öğrenciyi bir araya getirmeyi başardık; bu koşullarda çok bile. Yine de her şey bu sayının artacağına ve bu kurumun epeyce gelişeceğine işaret ediyor. Herkes buradaki çalışmaların tatmin edici, hatta çok başarılı olduğunu ifade ediyor. Buraya gelişimizin iyi bir etki yarattığı söyleniyor. Bir fizik ve astronomi dersi ve odasının açılması büyük yankı uyandırdı. Birçok genç, İstanbul’da bir ilk olan bu derslere kaydolmak için bana geldi".

Zamanın müdürü Leleu'nün çağrısı üzerine Filles de la Charité teşkilatına bağlı Fransız rahibeler, 8 Aralık 1839 günü Soeur Serviragol'ün yönetiminde İstanbul'a gelmişlerdir. Bu kuruluşa bağlı Bernardine Oppermann ve Louise-Amélie Albertine Tournier isimli iki rahibe, okula bir de kız bölümü eklemişlerdir. Bu tarihten itibaren Saint-Benoit kız ve erkek okulları, bir duvarla ayrılmış olsalar da, aynı binada faaliyet göstermişlerdir. Saint-Benoit böylelikle Filles de la Charité teşkilatının İstanbul'daki faaliyetlerinin merkezi haline gelmiş ve buraya bağlı rahibeler daha sonraki tarihlerde Sainte-Pulchérie Lisesi, Notre-Dame de la Paix (Şişli Lape) Hastanesi gibi kurumlar yanında, günümüze ulaşamamış olan Taksim Pasteur ve Aynalıçeşme Gérémia Hastaneleri ile Bebek Saint-Joseph Fransız Yetimhanesi'ni kurmuşlardır. Aynı dönemde teşkilata ait okul, hastane ve yetimhanelerin beslenme ihtiyacını karşılamak için Beykoz'da oluşturulan çiftlik, 1842'den itibaren Polonyalı mültecileri barındırmaya başlamış ve zamanla Polonezköy'e dönüşmüştür.

19. yüzyılda Saint-Benoît'nın öğrencileri genellikle yabancı ve levanten hıristiyan ailelerin çocuklarından oluşsa da, zamanla yerli gayrimüslim çocukların sayısı da artış göstermiştir. Bu dönemde okula özellikle Ermeni Katolik ve Bulgar Katolik cemaatinin ilgi gösterdiği görülmektedir.

1841 yılında okula bir de ilkokul kısmı eklenmiş ve aynı yıl Fransa Dışişleri Bakanı François Guizot'nun maddi desteğiyle 1866'ya kadar faaliyet göstermiş olan bir matbaa açılmıştır.

1844'te okula bir eczane ve 1862 yılında, halen faaliyette olan bir dispanser eklenmiştir.

Kırım Savaşı (1853–1856) sırasında Saint-Benoît'daki rahibeler, askeri hastanelerde önemli yararlılıklar göstermişler ve onlara duyulan şükranın ifadesi olarak zamanın Bahriye Nazırı okulu ziyaret ederek önemli miktarda maddi bağışta bulunmuştur. Okulun devlet katında prestijinin artmasının sonucu olarak, ilk Müslüman öğrenciler 1855 yılında okula kaydolmuşlardır. Bu tarihte okula kayıt yaptıran 3 Müslüman öğrenciden biri Saray Baştabibi'nin oğludur.

Saint-Benoît Lisesi, Bulgar Katolik Kilisesi'nin oluşmasında da önemli rol oynamıştır. Bu cemaatin liderlerinden Dragan Tsankov 1859–1861 yılları arasında propaganda amacıyla yayınladığı Bılgariya gazetesini, zamanın lise müdürü Eugène Boré'nin izniyle burada bulunan matbaada basmıştır. Zaten bu cemaat, kendi kiliselerinin ibadete açıldığı 6 Ocak 1861 tarihine kadar Saint-Benoît'nın kilisesini kullanmışlardır. Lisenin yakınındaki Eskiparmakkapı Sokak'ta bulunan Sveta Troitsa Bulgar Katolik kilisesinin bakımından günümüzde de Saint-Benoît'da görevli soeur'ler sorumludur.

1874 yılında Saint-Benoît'da 86'sı yatılı, 43'ü yarı-pansiyoner ve 1'i gündüzlü olmak üzere toplam 130 öğrenci bulunmaktaydı.

"93 Harbi" olarak da bilinen 1877–78 Türk-Rus Savaşı sırasında okulda görev yapmakta olan rahibeler askerî hastanelerde görevlendirilmişlerdir. Yaralı askerlerin tedavisi amacıyla hastaneye dönüştürülmüş olan Beylerbeyi Sarayı'nda görev yapan 6 Saint-Benoit’lı rahibe koleraya yakalanarak hayatlarını kaybetmişler; zamanın sadrazamı Ahmet Vefik Paşa, okul müdürü Eugène Boré'ye bir mektup göndererek bu kayıplardan duyduğu derin üzüntüyü dile getirmiş ve minnet duygularını ifade etmiştir. Savaşın Türkiye'nin aleyhine dönmesi üzerinde Balkanlardan başlayan göç akını sırasında, okul yatakhaneleri muhacirlere tahsis edilmiş, ayrıca halka ücretsiz yemek dağıtılmıştır.

Zamanla yıpranmış ve yer yer yanmış okul binaları tamamen yıkılarak 1875–1880 yılları arasında bugünkü haliyle inşa edilmiş ve Fransa Büyükelçiliği adına tapuya kaydedilmiştir. Okul binaları halen Büyükelçiliğin gayrimenkulüdür. Binanın mimarı, eski bir Saint-Benoit’lı olan ve Paris'te mimarlık eğitimi gören Alphonse Cingria'dır. Okulun ana bahçesine bakan saat, 19 Mayıs 1880 günü saat 12.00’de törenle çalıştırılmış ve inşaat resmen tamamlanmıştır.

23 Aralık 1895 tarihinde okulda bir tiyatro salonu açılmış ve Türkiye'deki tüm Fransız okullarında olduğu gibi, Saint-Benoît'da da tiyatro kolu en çok önem verilen öğrenci aktivitesi olmuştur.

Birinci Dünya Savaşı yıllarında Fransa ve Osmanlı İmparatorluğu'nun savaş halinde bulunması nedeniyle okul 18 Kasım 1914 tarihinde kapatılmış, Fransız din adamları yurtdışına çıkarılmış ve okul binaları askerî hastaneye dönüştürülmüştür. Okulun dış cephesi bu dönemde, hastane rengi olan sarıya boyanmıştır. Kısa bir süre sonra ise binaya İstanbul Erkek Lisesi yerleşmiştir. 1919 yılında Fransız rahip ve rahibelerinin dönüşüyle Saint-Benoît Lisesi 594 öğrencisiyle tekrar açılmıştır.

1921 tarihli Ankara Antlaşması ve 1923 tarihli Lozan Antlaşması sırasındaki mektup teatisiyle Fransız eğitim, sağlık ve din kurumlarının devamı garanti altına alınmış ve böylelikle Saint-Benoit bugünlere ulaşabilmiştir. 1924 tarihli Tevhid-i Tedrisat ve 1935 tarihli Özel Eğitim Kurumları yasalarıyla tüm yabancı okullarda olduğu gibi Saint-Benoit'da da önemli değişiklikler gerçekleşmiştir. Her şeyin başında okul binalarında dinî sembollerin, yabancı devlet adamlarına ait fotoğrafların ve bayrakların bulundurulmaları yasaklanmıştır. Ayrıca Türkçe, Tarih ve Coğrafya derslerinin Türk öğretmenlerce Türkçe olarak okutulması kuralı getirilmiştir. Bunun dışında okulda Müdür Başyardımcısının da mutlaka Türk olması koşulu konmuştur.

Okulun girişinde bulunan ve Fransa Büyükelçisi Salignac Baronu Jean de Gontaut-Biron ile Macaristan ulusal kahramanı II. Rákóczi Ferenc'in mezarlarını da barındıran kilise, 1929 yılında onarılmıştır.

1931 yılında yabancıların ilkokul açmalarının yasaklanmasıyla Saint-Benoit İlkokulu kapanmış ve kurum eğitime ilkokul sonrası iki sene hazırlık (o zamanki adıyla ihsarî), üç sene orta ve üç sene lise olmak üzere toplam sekiz yıllık bir okul olarak devam etmiştir. 1930'larla beraber daha önceleri öğretmenlerin büyük çoğunluğunu oluşturan Fransız rahip ve rahibelerin sayısı yavaş yavaş azalmış ancak müdürler hep Lazarist teşkilatına mensup bir rahip olmuştur.

Türkiye'de öğrenci kulüplerinin kurulmasına öncülük etmiş okullardan biri olan Saint-Benoît Lisesi, daha 1950'lerden itibaren Gezi Kolu, Spor Kolları gibi aktiviteler geliştirmiştir. 1948 yılında kurulmuş olan Satranç Kolu, her sene düzenlenen İstanbul Liselerarası Satranç Turnuvalarında 1959 yılına kadar aralıksız birinci olmuştur.

Disipline ve öğrencilerinin kılık-kıyafetine verdiği önemle tanınan Saint-Benoît'da uygulanmakta olan kurallar zamanla gevşemiş ve disiplin diğer özel okulların düzeyine inmiş olsa da, 1960'lı yıllara kadar geçerli olan bazı cezalar (500 satır yazma cezası; okul içinde Türkçe konuşma yasağı ve bu yasağı çiğneyenlere verilen boynunda dev bir paslı anahtar taşıma cezası; dersten sonra retenu'ye kalma cezası) eski mezunların hatıralarında yaşamaktadır.

1974 yılında okulun yatılı bölümü kapatılmış ve kurum tamamen gündüzlü hale gelmiştir. Yine bu dönemde, okulun kız bölümünde yer alan şapel kapatılarak, kız bölümünün öğretmenler odası olarak düzenlenmiştir.

1976–1977 eğitim yılında kısa süreli de olsa bir öğrenci gazetesi (Thème) yayınlanmıştır.

1987 yılında Kız ve Erkek bölümleri birleştirilmiş ve karma eğitime geçilmiştir. Bu dönemde öğrenci sayısı toplam 1600'e ulaşmıştır. Aynı yıl, okulun din adamı olan son müdürü Père Yves Danjou, 1977 yılından beri sürdürmekte olduğu görevinden ayrılmış ve okula din adamı olmayan ilk Fransız müdür olarak Michel Goupil atanmıştır. Okulun şimdiki müdürü ise, 2002 yılından beri görevde olan Luc Vogin'dir.

1991 yılında ÖYS'de kolaylık sağlamak amacıyla daha önce Fransızca okutulan Psikoloji, Felsefe ve Sosyoloji dersleri Türkçeye çevrilmiş ancak Fizik, Kimya, Biyoloji, Geometri ve Matematik dersleri Fransızca olarak devam etmiştir.

Saint-Benoit tıpkı diğer Fransızca eğitim yapan özel liseler gibi, 1992 yılında kurulmuş olan Galatasaray Üniversitesi'nde özel bir kontenjana sahiptir.

1995 yılında okulun felsefe öğretmenlerinden Nuran Direk'in girişimleriyle ve Milli Eğitim Bakanlığı'ndan alınan izinle kurulan Felsefe Kulübü, türünün ilk örneği olarak yurt çapındaki diğer ortaöğretim kurumlarına da öncülük etmiştir.

Okuldaki dispanserde hemşirelik yapan Fransız rahibelerin azalması nedeniyle 1998 yılında Suore di Carita dell'Immaculata Concezione di Ivrea (kısa adıyla les Soeurs d'Ivréa) teşkilatına bağlı, daha önce İtalyan Hastanesi'ni yönetmekte olan İtalyan rahibeler de dispanserde çalışmaya başlamışlardır. Dispanser, 2002 yılında Sen-Benua Polikliniği adıyla T.C. Sağlık Bakanlığı'ndan onaylı bir sağlık kurumuna dönüşmüş, sadece okul öğrencilerine revir hizmeti vermekle kalmayıp Galata semtindeki fakir ailelerin de sağlık hizmetlerini Caritas Internationalis'in desteğiyle ücretsiz olarak görmeye başlamıştır.