Bu caminin adı bir vakfiyesinde, tezkiret-ül-Bünyan ve devrinin birçok arşiv vesikalarında Mihrimah(Mihr ü mah) şeklinde yazılır. Vakıflar Genel Müdürlüğü arşivinde bulunan Bir vakfiyesinde adı mah-ı mihr şeklinde geçer. Mihr, Farsça(güneş ve ay) anlamındadır. Üsküdar’da Sultan tepesinin eteğinde hâkim bir set üzerinde bulunan bu camii Üsküdar İskelesinde ve Sultan III. Ahmet çeşmesinin karşısındadır. Eski kaynaklarda deniz kenarında kurulmuş olarak gösterilir. Rivayete göre Mihrimah Sultan iki camii yaptırmak ister. İlk okunan ezan ile son okunan Ezanın kendi camilerinde okunmasını ister. Birisi Üsküdar da, diğeri de Edirnekapı'da bulunan bu camileriyle arzusuna ulaşır.

MİMARİ YAPISI:
Evliya Çelebi cami hakkında şunları yazıyor: Mihrimah Sultan Cami İskele başındadır. Bu camii Sultan Süleyman M.1548 tarihinde yaptırıp sevabını kerimesi Sultan merhumenin ruhuna hediye etmiştir. Set üzerinde caminin avlusuna on bir basamaklı iki yönlü adi taş merdivenle çıkılır. Son cemaat yerinin önünde iki yüzlü ve yirmi musluklu som mermerden şadırvan vardır. Şadırvanın üst kısımları mermer şeklindedir. Şebeke göbeklerinde altışar şualı küçük yıldızlar görülür. Tatlı bir eğime kurulan bu mabedi bir kartala benzetirsek bu şadırvan uçmaya hazırlanan bir kartalın başı gibidir. Beş ayrı üç de son cemaat yerinin ortaklaşa sütunları üstünde yükselen kurşun kaplı bir saçak şadırvanı örtmektedir. Şadırvanın mermer üstünde zambak kabartmalı bir kuşak dolaşmaktadır. Son cemaat yerinin rafını altı sütun üzerindeki beş kubbe örter. Ortadaki kubbe çarpı işareti şeklinde ve daha derincedir. Sütun başlıkları istalaktitli (damlalı)bu sütunların üslerindeki altı kemerde son cemaat yerinin kubbe duvarındaki istalaktitli başlıklı dört payende ile iki salkımlı küme başlıklara dayanır. Yüce sanatkâr Mimar Sinan bu mabetle yepyeni plan ortaya çıkıyor. Kıble duvarındaki sütun başlıklarında istalaktitleri derinleştirilerek yerler yapmıştır. Planın müstesnalığa son cemaat yerine intişar etmiyor mabedin kendi planı bir yonca yaprağı şeklindedir. Caminin birer şerefeli iki minaresinin kapıları son cemaat yerine açılmaktadır. Solundaki minarenin kapısı içerisinde şimdiye kadar hiçbir yerde eşine rastlanmayan bir oymacılık ve kakmacılık şaheseri vardır. Bir taşa kabartma olarak Kelime-i Tevhit kazılmış. Diğer minaresinin kapısının üstüne bir madalyon üstüne sadece Kelime-i Tevhit kazılmıştır. Caminin iç kubbesi turamplarla genişletilmiş. Mimar Sinan ilk defa lale motifi kullanarak fil ayakları ile ana kubbeyi tutturmuştur.

MÜŞTEMİLATI:
Mihrimah Sultan Külliyesi, cami, medrese, imaret, kervansaray, mektep, kiler, ambardan oluşmuştur. İhata duvarı içerisinde şifahane, tuvaletler, hazineler, ihata duvarı dışında kütüphane ve hamamı mevcuttur. Ayrıca görevlilere lojmanı vardır.