İstanbul’da Ermeni cemaatine ait kiliseler arasında tarihi açıdan en eski kilisedir. İstanbul Ermeni Patrikliği’nin kuruluşundan önce vardı. 1360 ve 1391 tarihli elyazma kolofanlarda Galata’da Surp Sarkis adlı bir kilisenin varlığı anılmıştır.
Kırım’ın Kefe şehrinden Koms adlı bir tacir toprağı satın alarak, Surp Krikor Lusavoriç Kilisesi’ni inşa ettirir. 1436 yılında Kefeli tüccarların bağışlarıyla ikinci kez yeniden inşa edilen kilise 7 Nisan 1660 tarihindeki yangından kıl payı kurtulur.
1731’de, Büyük Oruç dönemindeki yangında tamamen yanar. Merhum Patrik Bitlisli Hovhannes IX Golod’un gayretleriyle 15 Aralık 1732’de yeniden inşa fermanı verilir ve kilise mimar Kayserili Sarkis Kalfa’nın gözetiminde yeniden inşa edilir.
Kilise, 7 Şubat 1771’de tekrar yanar. Yeniden inşa izni elde etmek için birbiri ardınca üç sultan nezdinde başvuruda bulunulur. Fakat kilisenin sivil yöneticileri yolsuzluk yaparak kilisenin gelirini zimmetlerine geçirmiş oldukları için, cezalandırılacaklarından korkuyorlardı. Ve sırf bu nedenle kilise 28 yıl harap kaldı. Fakat cemaat üyeleri, yaz-kış demeden yazın kavurucu sıcağına, kışın soğuğuna aldırmadan, harap kiliseyi ziyaret etmeye ve dua etmeye devam ediyorlardı. Özellikle Patrik IX. Hovhannes Golod’un kabri başında mucizelere tanık olunduğu, hastaların şifa bulduğu, ümitsizlerin muradlarına erdikleri halk arasında yayılıyor, evden eve konuşuluyordu. Nihayet 1799’da Mimar Minas Kalfa’nın gözetiminde yeniden inşa edildi ve Patrik Surmarlı Tanyel tarafından aynı yılın 13 Kasım günü ibadete açıldı.
Kilise 1834 yılında yeniden onarılarak, 11 Aralık 1834’te Bursalı Patrik Stepanos Ağavni tarafından ibadete açıldı. 1888 yılında kilisenin cephesi kesilerek içeri çekildi ve kilisenin üç bölümü Surp Krikor Lusavoriç, Surp Haç ve Surp Garabed kiliselerinin ara duvarları kaldırılarak üç kilise birleştirildi. Kilise, Adnan Menderes kabinesi döneminde 1958 yılında yol yapımı ve çevre düzenlemesi nedeniyle istimlâk edildi.
Yeni kilisenin inşa izni 1961 yılında verildi ve yıkılan kilisenin arsasının üçte birinin üzerinde yeni kilise inşa edildi. İstanbul’daki kiliseler arasında Ermeni mimari tarzında inşa edilmiş tek kilise binası olarak önem taşır.
Mimar Bedros Zobyan gözetiminde inşa edilen kilisenin temeli 8 Nisan 1962 tarihinde Patrik Şınorhk tarafından atıldı. Merhum Patrik, 25–26 Ağustos 1965 tarihinde kilisenin ibadete açma törenlerine riyaset etti.
Kilisenin alt bölümünde Surp Amenapırgiç Şapeli’nde Patrik Bitlisli IX. Hovhannes Golod’un (1678–1741) kabri bulunuyor. Merhum Patrik, 9 Eylül 1715 ve 13 Şubat 1741 tarihleri arasında görev yaptı. Kiliselerin inşa edilmesini sağladı ve cemaatin ruhanî yapılanmasına özen gösterdi. “Patriklik makamının ikinci kurucusu” sıfatıyla bu makamı yeniden semereli kıldı. Eğitim ve öğretime önem verdi. Aydın ruhaniler hazırlamak üzere Üsküdar’da bir ruhban okulu açtı. Ağtamar’dan Kilikya’ya, Eçmiyadzin’den Kudüs’e, Ermeni Kilisesi’nin yeniden yapılanması için gayret sarf etti. Kitapların yayınlanmasını teşvik etti. Avrupa dillerinde yazılmış teolojik eserleri Ermeniceye tercüme ettirdi. Azizliği ve güçlü dualarıyla ün salmış olan müteveffa Patriğin kabri, her Perşembe şefaat dileyen imanlılarca ziyaret edilir.
Patrik Kayserili II. Krikor da Galata Kilisesi külliyesinde defnedilmiştir. 1636 yılında vefat etmiş olan merhum Patriğin, Kudüs Patrikliği Manastırı’nın borçlarının ödenmesinde büyük ve yararlı hizmeti geçmiştir. 1601–1608, 1611–1608 ve 1623–1626 yılları arasında olmak üzere üç dönem İstanbul Patrikliği görevinde bulunmuştur. Bu Patriğin, İstanbul’da hocalık (vartabedlik) payesi verdiği rahiplerden olan Surp Movses Datevatsi daha sonra Surp Eçmiyadzin’de Katolikos seçilmiş ve vefatından sonra kilise tarafından Aziz olarak tanınmıştır. Şair olarak da tanınan Patrik II. Krikor’un mütevazı kabri ne yazık ki kilise istimlâkinde kaybolmuş olup, yeri tam olarak bilinmemektedir.
Kilisenin bitişiğinde Getronagan Lisesi faaliyet göstermektedir. Bu okulun tesis çalışmalarını Patrik Nerses Varjabedyan yürütmüş, ancak açılışı Patrik Harutyun Vehabedyan tarafından 1886 yılında yapılmıştır. İlk kurulduğunda yüksek okul sıfatını taşıyan okul, günümüzde lise düzeyinde eğitim vermektedir.
